Les héros ont le moral en piteux état, ils se retrouvent au laboratoire ! La situation ne peut plus durer : Gérer à la foi la défense de Lyokô, la lutte contre XANA ainsi que leur étude est devenu impossible !
La question revient de savoir si l'embauche d'un nouveau Lyokô-guerrier ne serait pas judicieuse ! Aelita propose à nouveau William, cependant Yumi s'y ré-oppose farouchement ! Il est, selon elle, trop tête-brûlée !
Voyant que le ton monte, Jérémie envoie ses amis prendre du repos bien mérité. Lui, restera une nuit de plus travailler à l'usine pour trouver les codes d'accès direct au 5ème Territoire ! En fin de nuit, il lance des vérifications avant de tomber épuisé sur son clavier.
Son réveil ne sera pas agréable, un bip de mauvais augure retentit dans le laboratoire, une tour est activée ! Le génie s'apprête à prévenir ses amis, hélas déjà une ombre inquiétante s'approche de lui !
On retrouve notre héros au collège ! Il dit à Aelita de l'accompagner à l'usine, car il a trouvé les codes d'accès à Carthage ! La collégienne refuse, affirmant que rien ne presse et qu'ils iraient après le test de sciences !
Tandis que celui-ci se déroule, Jérémie le finit à une vitesse incroyable et Mme Hertz le charge donc d'accompagner Odd, en plein délit de copiage, chez le proviseur !
Yumi est en compagnie de William, dans un atelier de développement de photo tenu par Jim. Ils entrent dans la chambre noire le temps de faire leur labeur, pourtant William fait une confession surprenante : Il confie à Yumi avoir rêvé qu'il se battait à ses côtés dans une usine désaffectée contre un plombier (cf épisode 59) !
A mesure qu'ils se rapprochent du bureau du proviseur, Odd et Jérémie se chamaillent. Ce qu'Odd ignore, c'est qu'il n'est pas en compagnie du vrai Jérémie, mais d'un clone polymorphe créé par XANA !
Le génie s'était fait agressé par son double dans l'usine, lequel avait essayé de le noyer ! S'en sortant de justesse, le collégien se rue dans le labo et appelle Odd sur son portable ! Celui-ci réalise que le clone a le symbole de XANA dans les yeux mais il se fait électrocuter avant d'avoir pu réagir ! Le monstre retourne en direction de l'usine pour finir ce qu'il avait commencé avec Jérémie !
L'original n'a rien le temps de voir et se fait éjecter en bas de la cage du monte-charge. Le clone contacte alors Aelita, lui révélant que XANA a créé une mimique de Jérémie (en l'occurrence, le clone lui-même) ; elles doivent donc aller sur Lyokô pour désactiver la tour ! Aelita s'empresse de sortir du test, laissant Ulrich finir le sien ; il ne doit absolument pas échouer !
Pour Yumi, la situation est plus délicate, si elle sèche encore le cours de Jim, elle se fera renvoyer ! William intervient alors, lui disant que si elle voulait s'enfuir par une fenêtre, il s'arrangerait pour que Jim ne relève pas son absence ! Remerciant son ami, Yumi s'esquive en douce ! Accompagnée d'Aelita, elle repère Odd, le réveille puis se rend à l'usine !
Quand elle arrive, le clone, se faisant encore passé pour Jérémie, feint de ne pas savoir où est passé la créature de XANA, pour ensuite leur dire de descendre dans la salle des scanners ! Il virtualise Odd et les deux Lyokô-guerrière sur la Montagne ! Ne se cachant plus, il révèle son identité ! Il man½uvre rapidement sur les panneaux de contrôle : Odd et Yumi commencent à grésiller ; ils sont bogués ! Leurs armes deviennent impuissantes, leurs enveloppes virtuelles restent visibles, mais non existantes ! Résultat, ils ne peuvent rien contre les monstres comme les monstres ne peuvent rien contre eux !
Cela ne serait pas dérangeant, si la Méduse ne s'approchait pas d'Aelita avec la ferle intention de la saisir une ultime fois !
La situation est critique ! Odd et Yumi ont beau tout tenté, rien ne les débogue. La méduse, elle, finit d'implanter le virus à Aelita !
Sur Terre, William qui s'est barricadé dans la salle noire « pour faire de beau développement » peine à contenir Jim qui tambourine contre la porte !
Jérémie remonte du vide dans lequel il avait été propulsé jusqu'au labo ! Le clone s'apprête à le renvoyer d'où il vient, sans compter sur l'intervention d'Ulrich, tout juste sorti de son test de sciences ! L'adolescent contient comme il peut le clone polymorphe, permettant à Jérémie de déboguer les combattants virtuels et de leur fournir des véhicules ! Odd se sacrifie pour combattre les Kankrelats qui escortaient la Méduse, pendant ce temps Yumi s'élance pour une ultime poursuite d'Aelita Elle lance son éventail...qui est esquivé par l'Aelita xanatifiée ! Elle pénètre dans la tour du Passage ; Yumi d'un air las demande déjà à Jérémie se préparer à les dévirtualiser en urgence ! Le code XANA est entré, la Montagne commence à s'effacer !
Dans le labo, le clone, un sourire sadique aux lèvres, ne se contente plus que de repousser Ulrich, avant de disparaître en même temps que la tour qui le générait ! Yumi et Aelita se font rematérialiser !
Tout semble perdu ! Lyokô est condamné, puisque les héros ne peuvent plus accéder à Carthage ! XANA n'a plus qu'à attaquer le C½ur et détruire Lyokô. Soudain un bip retentit : Ce sont les résultats des tests que Jérémie avait lancés le matin même : Ils sont positifs ! La bataille peut continuer, sur Carthage exclusivement pour cette fois !
La question du recrutement d'un Lyokô-guerrier revient, pourtant cette fois-ci, Yumi accepte d'intégrer William à la bande ! Le groupe regarde de loin, avec une très légère pointe d'anxiété, Yumi qui révèle au grand ténébreux que ses rêves s'étaient bien déroulés.
Tandis que William semble accepter la proposition de Yumi pour devenir Lyokô-guerrier, Odd conclue l'épisode en affirmant qu'avec l'arrivée de William et Ulrich qui se met à bosser, la bande était en pleine évolution !